De acordo com o Artigo 8º do Regulamento Interno do FPAM, a Direcção do Fórum é constituída:

Artigo 8º
Direcção

1. A Direcção é composta por sete membros, como segue:
a) Duas personalidades de reconhecido mérito nos Assuntos do Mar, designadas pelo Governo, por um período de dois anos;
b) Quatro representantes da sociedade civil, eleitos em sessão plenária do Fórum, por um período de dois anos;
c) O responsável pela Estrutura de Missão para os Assuntos do Mar (EMAM).

2. Compete à Direcção:
a) Dirigir as actividades do Fórum nos termos previstos no presente Regulamento;
b) Elaborar e alterar o Regulamento Interno do Fórum, submetendo-o à aprovação do Plenário;
c) Elaborar um Plano de Acção anual, a submeter à aprovação do plenário, e assegurar a sua execução;
d) Elaborar o Relatório Anual de Actividades;
e) Decidir a convocação das sessões plenárias ordinárias e extraordinárias do Fórum;
f) Executar as deliberações tomadas nas sessões plenárias do Fórum;
g) Nomear os coordenadores das secções especializadas, grupos de trabalho e das redes de consulta regionais, bem como outros que venham a ser criados, após consulta com estes órgãos subsidiários do Fórum.

3. A Direcção reúne ordinariamente pelo menos uma vez por mês e extraordinariamente sempre que necessário, mediante convocação decidida pelo Presidente ou, pelo menos, por três dos seus membros.